Wieś Zaczarniu powstała bardzo późno, co spowodowane było jej położeniem. Otóż w pierwszej kolejności zajmowano tereny, które najłatwiej było przysposobić do uprawy, poruszano się skrajem puszczy czy też umieszczano domostwo na wierzchowinie. Sytuacja Zaczarnia była zupełnie inna. Położenie osady na północnym zboczu szerokiego wzniesienia, słabo odwodnionego, w dawnych czasach zapewne bardziej podmokłego czy wręcz bagnistego, nie stwarzało sprzyjających warunków do osadnictwa. Mimo tego w 1577 roku, lokowana była Wola Lisiogórska, według historyków dzisiejsze Zaczarniu. Potwierdzenie istnienia tej miejscowości znajdujemy w dokumentach dotyczących podziału hrabstwa tarnowskiego przeprowadzonego w 1603 roku, w wyniku którego Janusz Ostrogski otrzymuje m.in. Wolę Lisiogórską. W 1638 roku pojawia się nazwa Zaczarniu. W tym bowiem roku miejscowość wymieniona jest w dokumentach kościelnych jako wchodząca w skład parafii Lisiej Góry.

Osada Zaczarnia, na przestrzeni wieków miała różnych właścicieli. Stale jednak wchodziła w skład tzw. Klucza krzyskiego, a takie klucze tworzyły hrabstwo tarnowskie. I tak za Stanisławem Wróblem przyjąć należy, że po śmierci księcia Konstantego, współrządy nad terenami tarnowskimi sprawowali jego synowie: Janusz Ostrogski – kasztelan krakowski oraz Aleksander Ostrogski – wojewoda wołyński. W 1603 roku zmarł Aleksander i mocą uchwały Trybunału Lubelskiego hrabstwo został podzielone pomiędzy księcia Janusza i dzieci Aleksandra. Wschodnią część, a więc i Zaczarniu ( wówczas Wolę Lisiogórską ) otrzymał książę Janusz, który umarł w 1620 roku. Po nim dziedziczyła jego druga córka, Eufrozyna, małżonka wojewody kijowskiego Aleksandra Zasławskiego. Kolejnym właścicielem został syn wspomnianych, Władysław Dominik Zasławski – Ostrogski, koniuszy koronny, wojewoda sandomierski i krakowski. W 1657 r. dziedzictwo przejął jego syn Aleksander Janusz, a po bezpotomnej śmierci , dobra tarnowskie otrzymała jego siostra – Teofilia Ludwika, żona marszałka wielkiego koronnego Józefa Karola Lubomirskiego. Po matce w 1709 roku dobrami władał Aleksander Dominik Lubomirski, starosta sandomierski, który umarł bezpotomnie. Dziedzictwo tarnowskie przeszło wówczas w ręce siostry Aleksandra – Marii Anny z Lubomirskich, księżnej Sanguszkowej, a po niej przejęła jego trzecia żona, księżna Barbara Sanguszkowa, by w 1774 roku przekazać ją synowi, Hieronimowi Sanguszce, generałowi wojsk koronnych i wojewodzie wołyńskiemu. W rękach tej rodziny Zaczarniu znajduje się do czasu uwłaszczenia chłopów. 31 lipca 1772 roku wojska zaborcze objęły Galicję we władanie austriackie. 11 września tego roku ogłoszono publicznie manifest Marii Teresy o poddaniu kraju „protekcji cesarzowej”. W imieniu poddanych hrabstwa tarnowskiego 29 grudnia 1773 roku przysięgę wierności nowej władzy złożył pisarz prowentowy August Ryszewski.

Austriacy energicznie przystąpili do tworzenia administracji. Zaczarnie, jak większość wsi w dobrach Sanguszków, stanowiło odrębne dominium. Dzięki takiemu sposobowi zarządzania, w rękach właściciela Zaczarnia skupiała się równocześnie władza państwowa, jak i zwierzchnictwo nad poddanymi. Rządów tych dziedzic nie sprawował osobiście. W tym celu zatrudniał funkcjonariuszy, którzy pełnili funkcje administracyjne i sądowe, a tym samym byli faktycznymi reprezentantami władzy państwowej. W zakresie sądownictwa do władz dominialnych należały sprawy cywilne, karne (ciężkie przestępstwa policyjne i kryminalne), przy których stwierdzano jedynie istotę czynu i prowadzono wstępne śledztwo bez rozpoznawania i wyrokowania. Czynności administracyjne sprawował urzędnik zwany mandatariuszem dominialnym, był on z reguły równocześnie oficjalistą dworskim. Utrzymanie sądów i administracji publicznej (w tym również płace urzędników) spoczywało na dominiach. Zmiany dotyczyły nie tylko sposobu administrowania wsią. Przed rozbiorem chłop zaczarnieński wraz z gruntem był własnością dziedzica. Poddaństwo osobiste zostaje zniesione patentem cesarza Józefa II z 5 kwietnia 1782 roku. Kolejne reformy józefińskie również wpływają na poprawę położenia włościan, regulują powinności pańszczyźniane.

Wraz ze zniesieniem pańszczyzny i ogłoszeniem konstytucji nastąpiły zmiany ustroju administracyjnego i sądownictwa. Kres istnienia dominiów nastąpił w 1855 roku, kiedy to w wyniku reformy podzielono je na gminy wiejskie i obszary dworskie. Obszar dworski w Zaczarniu był własnością rodu Sanguszków i wynosił 94,7 ha, w tym 8,22 ha gruntów ornych i 82,57 ha lasów. Gminą wiejską Zaczarnie stało się na mocy ustawy z dnia 12 sierpnia 1866 roku. W myśl jej zasad każda gmina posiadała własną władzę, którą tworzyły „Zwierzchność Gminna” na czele z wójtem, „Rada Gminy” oraz kancelaria kierowana przez pisarza gminnego. Władze gminy posiadały uprawnienia w sprawie rozstrzygania problemów lokalnych, przekazywały również polecenia władz wyższej instancji.

Koniec wieku XVIII i wiek XIX był okresem niezwykle interesującym i bogatym w wydarzenia historyczne. Ich echa docierały do Zaczarnia, a w niektórych z nich brali udział mieszkańcy wsi.

Istotny wpływ na chłopstwo miał pierwszy rozbiór Polski. Włościanin zaczarnieński otrzymał nowe prawa, ale też zetknął się z nowymi obowiązkami. Bez wątpienia należał do nich przymusowy zaciąg do wojska. W celu określenia ilości żołnierzy, jaka z każdej miejscowości miała być dostarczana, przeprowadzono w Galicji w latach 1775-1780 spis ludności. Pobór nie był obowiązkiem powszechnym. Jeżeli miejscowość dostarczyła przepisową liczbę rekrutów, pozostali byli wolni. Początkowo służba wojskowa była dożywotnia, później ustalono, iż w piechocie ma trwać 10 lat, w konnicy 12 lat, a w artylerii 14. Rekruta przed komisję poborową dostarczyć miał wójt. Nie było to zadanie proste. Młodzi chłopcy, gdy zbliżał się zaciąg, uciekali, gdzie się dało. Wójt z pomocnikami chodził po domach i szukał „chętnych”, bowiem gmina musiała dostarczyć odpowiednią liczbę żołnierzy. Z czasem w miejsce tych „łapanek” wprowadzono losowanie. Zbiegostwo mężczyzn mimo tego było powszechne. Nasilało się w okresie walk narodowowyzwoleńczych. W czasie insurekcji w 1794 roku chłopi uciekający ze wsi mogli liczyć na opiekę władz powstańczych.

Odgłosy walki o wolność ojczyzny z tego okresu dotarły i do Zaczarnia. Potwierdzeniem tego jest postać Jana Orczykowskiego, męża Agaty Nytko. Z jego metryki ślubu wynika, że był on „miles” tzn. wojskowym i przybył do osady z okolic Racławic. Prawdopodobnie był powstańcem lub jego synem, a jednocześnie uciekinierem przed poborem do wojska rosyjskiego. Okres wojen napoleońskich także pozostawił ślady w Zaczarniu. Jan Potempa brał udział w wyprawach cesarza Francuzów. Dosłużył się stopnia podoficera, co świadczy o jego męstwie i odwadze. Po powrocie z wojaczki za zasługi został zwolniony z części świadczeń na rzecz dworu. Był jednym z nielicznych mieszkańców wsi, którzy opanowali sztukę czytania i pisania . Następne lata także odcisnęły piętno na mieszkańcach Zaczarnia. Rok 1846 przyniósł ruch chłopski zwany rabacją. Z powodu kolejnej klęski nieurodzaju chłop głodował i cierpiał ogromną nędzę. Tymczasem szlachta przygotowywała nowe powstanie. Kronikarz lisiogórski, ksiądz Jan Rapacz, zapisał: „W roku 1846, w miesiącu lutym miała wybuchnąć rewolucja. Najpierw zaczęła się w tarnowskim cyrkule, gdzie już wielu powstańców z domów swoich wyruszyło i zbliżało się ku miastu różnymi stronami. Jadąc i przez Lisią Górę około 30, a może doszło do 50, widząc to chłopi miejscowi, bo wieźli ze sobą broń, ogromny postrach rzucało to na wsie z obawy, bo ktoś miał fałszywe bajki rozsiewać, jakoby ich powstańcy mieli rznąć; co dało powód, że ich zatrzymywano i chwytano, tak dalece, że po innych parafiach ich okrutnie bito, kaleczono, mordowano, a na koniec straszną ich gładzono śmiercią, bo cepami, pałkami, nożami, widłami, siekierami, strzelbami, jakie tylko wymyślić mogła złość chłopska narzędzie morderstwa, to ich używała ku temu końcu, aby ich zabijano. Przez Lisią Górę, gdy przechodzili, chłopi zgromadzeni około kilkuset tamowali ich przemarsz zatrzymali ich poodbierali im broń, nawet ją powstańcy sami pod nogi chłopskie rzucili, ale ich nie bili, tylko tak związanych wtrącili do piwnicy, gdzie pełno było wody, a to w zimowej porze (19 lutego) tam pokutowali pokąd wojsko CK Regimentu Szwoleżerów nie nadeszło, skąd kazano wyprowadzać powstańców i kijami lub cepami obkładać na drogę i tak ich do Tarnowa pędzono”. I dalej: „Tymczasem coraz większe zaburzenia i zamieszania powstawały między chłopami, nie tylko, że na około w Tarnowskim cyrkule zabijano, ale napadano na domy panów, one rabowano, a w wielu miejscach nawet świątyniom pańskim nie przepuszczano, i tak 19, 20, 21 lutego, gdy wszędzie po wsiach huki, krzyki przeraźliwe, jęki odbijały o sklepienie niebios od wielkich morderstw i zabójstw, gdy wszędzie chłopstwo zapite po karczmach siedziało, śluby połamało, hałasowało, na straży z pałkami, cepami i widłami stało, a przywożono po 8 lub po 6, po 5 żywych, rannych lub zabitych panów przy każdej karczmie odprowadzano i kaleczono lub dobijano, na ten czas i w Lisiej Górze nad Kościołem, straszna chmara chłopów stała na straży, z których niektórzy, bo żaden z poczciwych, odprowadzali, prowadzonych na saniach lub wozach panów, a pałami lub cepami okładali, lecz przecież nie zabijali, tylko kaleczyli.

Wystąpienie włościaństwa było jedną z przyczyn klęski powstańców. Rozbita partia szlachecka pod Lisią Górą to oddział Franciszka Wiesiołowskiego, który z zaledwie 30-tu ludźmi ruszył z dworu swego brata Michała w Goleszowie. Jak pisze M. Tyrowicz „Oddział powiększając się po drodze brnął w śniegu w siedmiu saniach przez Partynie, Radomyśl, Jastrząbkę ku Lisiej Górze. Około 5 rano rozegrała się tu pierwsza tragedia – rozbicie powstańców przez chłopów. Dodać należy, że klęska ta dotknęła w Lisiej Górze powstańców z Pilzna.

Co prawda przedstawione wydarzenia rozgrywały się w Lisiej Górze, trudno jednak sobie wyobrazić, aby nie brało w nich udział chłopstwo zaczarnieńskie. Pamiętajmy, że Zaczarnie w owym czasie należało do parafii tejże miejscowości, a odległość między wioskami nie jest duża. Potwierdzenie tej tezy znajdujemy w „Sadze rodu Nytków”. Według autorów w karczmie Czekaj na Podlesiu zbierali się chłopi uchylający się od powinności pańszczyźnianych, szczerze nienawidzący swoich panów. Lasami, które przylegały do Zaczarnia, szli w owym roku ludzie związani z Jakubem Szelą do Lisiej Góry. Tam też było siedlisko złodziei i pijaków – wśród nich byli uczestnicy rzezi. To właśnie taki nie- świadomy narodowo element podburzony przez władze austriackie mordował, palił i grabił dobra szlacheckie. Tym sposobem rabacja chłopska, jedno z najtragiczniejszych wydarzeń XIX wieku, pozostawiło ślady i w Zaczarniu. Wydarzenia roku 1846 uświadomiły wszystkim, że nadszedł czas uwłaszczenia chłopów. Ten mający niezwykłe znaczenie fakt w życiu włościan zaczarnieńskich nastąpił dwa lata później. 22 kwietnia gubernator Galicji Stadion ogłosił zniesienie pańszczyzny. Działo się to w okresie Wiosny Ludów. Zacytujmy jeszcze raz kronikarza lisiogórskiego.

„Rok 1848 ważny z tego, że w Wiedniu w dniach 13, 14, 15 marca powstała rewolucja, w skutek której ogłoszono konstytucję dla całej monarchii, amnestię dla wszystkich więźniów politycznych z roku 1846, darowanie pańszczyzny i wszystkich ciężarów, które ciążyły na gruntach chłopskich. Gdzie niektórzy panowie z szlachty uniesieni szałem z własnego popędu usamowolnili chłopów, inni oględniej się zachowali. Tak książę Władysław Sanguszko, pan Lisiej Góry i Zaczarnia, dał na piśmie darowiznę pańszczyzny, jednak sobie zastrzegł bonifikację, jeśliby kiedy jaka miała mu się dostać”. Minęło kilkanaście lat, podczas których mieszkańcy Zaczarnia szybko się przekonali, że owszem nie muszą pracować na pańskim polu, ale warunki ich życia wcale tak szybko się nie poprawiają. Coraz wyraźniej budziła się w nich duma narodowa. Miejscem szczególnym, rozwijającym patriotyzm, był kościół parafialny. To tam właśnie odbywały się uroczystości religijno-narodowe. Okazję do nich stworzyły wydarzenia z lutego 1861 roku i śmierć Polaków na Placu Zamkowym w Warszawie. Wywarły one wielkie wrażenie na społeczeństwie polskim w Galicji. 9 października 1861 roku zorganizowano trzy procesje patriotyczno-religijne z Tarnowa, Dąbrowy Tarnowskiej i Lisiej Góry, które po południu w Lisiej Górze brały udział w poświęceniu nagrobka „Niewinnie pomordowanym”. Patriotyczne kazanie do wiernych wygłosił ksiądz Rybarski oraz były proboszcz, a zarazem poseł na Sejm galicyjski, ksiądz Morgenstern. Te działania duchowieństwa, w których uczestniczyli wszyscy mieszkańcy parafii, jak również rodzący się ruch narodowy i ludowy przyczynią się w przyszłości do odrodzenia Polski. Przyjdzie na to czekać dziesiątki lat. Wiele potu i krwi wsiąknie w polską ziemię. Mało kto przypuszczał, że rozpoczynająca się w 1914 roku I wojna światowa położy kres rozbiorowi ziem polskich. Wybuch wojny ludność przyjęła z entuzjazmem. Wiara w zwycięstwo nad carską Rosją była wielka. Wkrótce okazało się jednak, że walki będą długotrwałe, a ich skutki odczują również mieszkańcy Zaczarnia. Wielu mężów i ojców pożegnało się z rodzinami, by walczyć za cesarza Franciszka Józefa, w szeregach armii austro- węgierskiej. Części z nich nigdy nie było dane wrócić pod rodzinne strzechy, inni osiągnęli sukcesy i awanse. Wśród tych ostatnich był Józef Nytko, urodzony w Zaczarniu, kończący tu szkołę powszechną. Gdy wybuchła wojna, powołany został do wojska austriackiego. Brał udział w walkach na froncie włosko-serbskim jako artylerzysta.

Wiadomości o wojnie mieszkańcy Zaczarnia czerpali nie tylko z gazet i listów żołnierskich. Około 10 listopada 1914 roku Tarnów i jego okolice zostały zajęte przez III armię rosyjską generała Radki Dimitriewa. Po załamaniu się ofensywy Rosjan, front w grudniu ustabilizował się na linii Dunajca i Białej. Mieszkańcy Zaczarnia tym sposobem znaleźli się pod władzą rosyjskiej administracji wojskowej. Jak pisze M. Kozaczka oddziały rosyjskie zostały rozmieszczone w miejscowościach powiatu tarnowskiego i tratowały mieszkańców wsi z niezwykłą brutalnością. Bez wynagrodzenia rekwirowały konie, bydło, zboże i żywność. Osoby broniące dobytku były bite. Do nieporozumień dochodziło, gdy żołnierze rozbierali ogrodzenia czy poszycia budynków, które służyły im jako opał. Gdy zaprzestano walk w okresie zimowym, stosunki między ludnością a żołnierzami rosyjskimi układały się poprawnie, w niektórych wsiach przerodziły się w przyjaźń i wzajemną pomoc. „Moskale przyszli tu pod koniec 1914 roku i około 6 miesięcy stali nad Dunajcem, trzymając tu linię frontową. Okopy były w Pawęzowie, Śmignie i Łukowej. Po tutejszych wsiach kwaterowali, wszystkiego mieli pod dostatkiem. Z ludźmi żyli w dobrych stosunkach, nieraz za dobrych. Wielu już Moskali urodziło się zwłaszcza w Łukowej, co hańbą okrywa wieś” – ogłosił proboszcz z ambony 17 października 1915. W maju 1915 roku Rosjanie pod wpływem uderzeń armii austro- węgierskich i niemieckich opuszczają Zaczarnie. Do końca wojny Zaczarnie znajdowało się pod zarządem austriackim. Wieś była bezlitośnie wykorzystywana, przeprowadzono nowe zaciągi do wojska, rekwirowano zwierzęta, zboże i artykuły żywnościowe. Straty poniesione przez Zaczarnie były poważne.

I wojna światowa to ostatnie wielkie wydarzenie historyczne, które miało wpływ na życie mieszkańców Zaczarnia. Wraz z upadkiem trzech cesarzy wielkimi krokami zbliżała się tak bardzo upragniona przez naszych pradziadów wolność.